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L’UMR est sous la double tutelle de l’INRA - départements Environnement et Agronomie (département pilote) et Santé des Plantes et Environnement – et de l’Université de Bourgogne.
L’enjeu des recherches de l’UMR MSE est triple.
Le premier porte sur la définition de paramètres microbiens (bioindicateurs) permettant de caractériser la qualité des sols et donc d’appréhender l’impact des activités anthropiques sur cette qualité afin de fournir des éléments d’aide à la décision pour une gestion durable de notre environnement tellurique.
Le second porte sur la meilleure connaissance et compréhension des processus microbiens, impliqués dans les fonctions contribuant à la qualité de notre environnement et de nos aliments; cet enjeu majeur correspond à la nécessité de caractériser au-delà du potentiel génétique des microorganismes, son expression ainsi que les activités et fonctions microbiennes.
Le troisième enjeu est d’agir sur ces processus microbien en (i) orientant les communautés et populations microbiennes correspondantes ainsi que leurs activités (agriculture durable) et en (ii) introduisant des souches microbiennes sélectionnées pour leurs activités bénéfiques (inoculation microbienne), afin d’améliorer la qualité des sols (biorémédiation) et de réduire l’utilisation d’intrants de synthèse (pesticides) contribuant ainsi à améliorer également la qualité de nos aliments (réduction des résidus).
L’UMR MSE est structurée autour de :
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4 équipes : ‘Dynamique des interactions plantes - microorganismes’ (Responsable : Ph. Lemanceau), ‘Ecologie microbienne pour la gestion des intrants chimiques et organiques’ (Responsable : L. Philippot), ‘Rôle des pratiques culturales sur l’écologie des agents phytopathogènes et la qualité des sols’ (Responsable: C. Steinberg), ‘Gestion des populations microbiennes pathogènes ou bénéfiques dans les sols et l’environnement’ (Responsable: A. Hartmann).
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4 plateaux techniques : ‘Génotypage’ (L. Philippot, F. Martin & D. Bru), ‘Protéo-typage’ (P.A. Maron & C. Mougel), ‘Chimie Biologique Environnementale’ (C. Henault & F. Bizouard), ‘GenoSol’ (L. Ranjard)
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6 programmes fédérateurs: ‘Analyse des relations entre les paramètres pédologiques physico-chimiques et microbiologiques caractéristiques de la microflore des sols’ (C. Steinberg), ‘Caractériser par des outils d'écologie microbienne moléculaire les sols issus du réseau RMQS’ (L. Ranjard), ‘Effet de la rotation des cultures sur la microflore du sol et son activité’ (C. Mougel), ‘Effet des pratiques de gestion et des modes d'aménagement agricoles et sylvicoles sur les communautés microbiennes intervenant sur la fertilité et la qualité des sols’ (F. Martin INRA Nancy & Ph. Lemanceau), ‘Gestion des microorganismes pathogènes dans la chaîne alimentaire des sols aux aliments’ (A. Hartmann), ‘Identification de microorganismes, gènes et activités microbiennes impliqués dans les interactions plantes-microorganismes’ (S. Mazurier), ‘Microbio géographie à l'échelle de la France par application d'outils moléculaires au réseau français de mesures de la qualité des sols’ (L. Ranjard).
Au total, l’UMR MGS regroupe 95 agents correspondant à 79,85 Equivalents Temps Pleins (ETP) dont 52, 25 titulaires (21,5 ETP scientifiques dont 8 enseignant-chercheurs; 9,8 ETP ingénieurs; 20,95 ETP cadres techniques), 18,6 ETP étudiants et post-doctorants et 9 ETP sous contrats.
L’UMR MSE est associée à l’UMR PME au sein du CMSE (Centre de Microbiologie du Sol et de l'Environnement). L’UMR participe activement à l’Opération Structurante ‘Agroécologie de la parcelle cultivée’ au sein de l’Institut Buffon.
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