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La Estación de Hidrobiología Lacustre INRA de Thonon trabaja desde hace varios decenios sobre la ecología de los lagos subalpinos. Sus temas de investigación se centraron en un primer momento en las consecuencias de la eutrofización sobre el ecosistema lacustre. A principios de los anos 80, con el objeto de responder a la demanda social, los estudios se ampliaron a las transferencias de fósforo en las cuencas hidrográficas y, posteriormente, a la dinámica de las poblaciones de peces. En 1988, se estableció una última línea de investigación dedicada a la ecotoxicología de los microorganismos fotosintéticos y a las proliferaciones de cianobacterias. A partir de 1999, la estación se convirtió en una Unidad Mixta de Investigación (UMR CARRTEL) mediante la asociación con un laboratorio de microbiología acuática de la Universidad de Saboya (esto explica el desarrollo de investigaciones sobre el ciclo microbiano de los lagos) y finalemente con un laboratorio de Ciencias del Suelo de la misma Universidad (desarrollo de investigaciones sobre la materia orgánica).

El CARRTEL al completo se compone de 45 trabajadores fijos y una quincena de estudiantes de doctorado, post-doctorado o en prácticas. El CARRTTEL dispone de un laboratorio de análisis químico de aguas, de un laboratorio de microbiología, de una piscifactoría experimental, de materiales de medidas y de tomas de muestras en el campo (aparatos de recogida automática de muestras de agua, centrifugadoras de flujo contínuo, barcos equipados, sonda multiparmetros y sonda fluorimétrica, botellas y redes específicas para el plancton, , ecosonda , red,…) y de material de análisis biológico de las muestras (citometría de flujo, microscopios, contador de centelleo, videomicroscopios, lupas, secuenciador,…) y de marcaje de peces. La UMR se beneficia tambien de los servicios analíticos comunes de la Uuniversidad, en particular para la caracterización física de los sedimentos y de las suspensiones (granulometría laser y MEB).

El CARRTEL centra sus investigaciones en el estudio del funcionamiento y de la evolución de los sistemas lacustres en relación con sus cuencas vertientes. La disciplina concernada es la Limnología. Los trabajos se orientan hacia la gestión de los grandes Lagos como recursos naturales y tienen la voluntad de entrar en los grandes debates científicos actuales : rol funcional de la biodiversidad, impacto de los cambios globales sobre los ecosistemas. De este modo, los estudios incluyen seguimientos a largo plazo que constituyen una base de datos medioambiental de gran valor para comprender los efectos de la antropización y de los cambios climáticos.

El CARRTEL se integra dentro de una perspectiva europea con su participacin en la red « CHARRNET », en el programa « EUROLAKES » (« Integrated Water Resource Management for Important Deep European Lakes end their Catchment Areas), y en el programa « INTERREG » Francia, Suiza e Italia que trata de la Ecogenética de la trucha («identificación y estrategia de conservación de la poblaciones autóctonas » en colabotración con las Universidades de Berna y Padua y el INAR de Jouy).

La colaboración científica se estructura también a través de investigaciones transversales que desarrollan un enfoque global de las causas y de los impactos de la contaminación en medio rural (programa INRA-CEMAGREF, « AQUAE »). La colaboración en investigación y desarrollo se organiza en torno a 3 GIS : GIS « Alpes del Norte » (estructura que reúne INRA-CEMAGREF y las Cámaras de Agricultura alpinas para las investigaciones finalizadas sobre los temas referentes a las relaciones agricultura, desarrollo y medio ambiente), el GIS « planes hidrológicos » (que asocia los equipos INRA, CSP, CEMAGREF, en torno a 4 temáticas : red, muestreo, indicadores y gestión) y el GIS « cianobacterias ».