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La Station d'Hydrobiologie Lacustre INRA de Thonon travaille depuis plusieurs décennies sur l'écologie des lacs subalpins. Ses thèmes de recherche ont été d'abord focalisés sur les conséquences de l'eutrophisation sur l'écosystème lacustre. Au début des années 1980, afin de répondre à la demande sociale, cette thématique a été élargie d’abord aux transferts de phosphore dans les bassins versants puis à la dynamique des populations de poissons. Enfin, en 1998, un dernier groupe s’est structuré autour de l’écotoxicologie des microorganismes photosynthétiques et de l’étude des proliférations de cyanobactéries. Depuis le 1er janvier 1999, la station est une Unité Mixte de Recherche (UMR CARRTEL) par association avec un laboratoire de microbiologie aquatique de l'Université de Savoie (d’où le développement de recherches sur la boucle microbienne des lacs). Le renouvellement de l’UMR prévu en 2003 s’accompagnera, si le projet est validé, de son renforcement par association d’un labo de Sciences du Sol et d’un labo de Physiologie.

Le CARRTEL élargi comprend 45 personnes permanentes et une quinzaine de personnes en doctorat, séjours post-doctoraux, stages de recherche. Le CARRTEL dispose d'un laboratoire d'analyses chimiques de l'eau agréé par le Ministère de l’Environnement, d'un laboratoire de microbiologie, d’une pisciculture expérimentale, de matériels de mesures et de prélèvements de terrain (préleveurs automatiques d'eaux, centrifugeuses à flux continu, bateaux équipés, sonde multiparamètres et sonde fluorimétrique, bouteilles et filets à plancton, échosondeur, chalut,..) et de matériel d'analyses biologiques des échantillons (cytomètre de flux, microscopes, compteur à scintillation, vidéomicroscopes, loupes, séquenceur…) et de marquage des poissons. L’UMR bénéficie des services analytiques communs de l’Université, en particulier pour la caractérisation physique des sédiments et suspensions (granulomètre laser et MEB).

Le CARRTEL met au centre de ses recherches l’étude du fonctionnement et de l’évolution des systèmes lacustres en relation avec leurs bassins versants. Le champ disciplinaire concerné est la Limnologie. Les travaux sont conduits dans une perspective d’aide à la décision en matière de gestion des ressources naturelles que sont les grands Lacs et avec la volonté de se placer au cœur des grands débats scientifiques actuels, rôle fonctionnel de la biodiversité, impact des changements globaux sur les écosystèmes. Ils incluent de ce fait des suivis à long terme qui constituent une base de données environnementale précieuse pour comprendre les effets de l’anthropisation et des changements climatiques. - Le CARRTEL s’intègre dans une perspective européenne en participant, à un projet de REX (Euro-limpacs : global change impacts on european lake ecosystems ), au réseau « CHARRNET », au programme en cours « EUROLAKES ("Integrated Water Resource Management for Important Deep European Lakes and their Catchment Areas"), et à un programme INTERREG France, Suisse et Italie traitant d’écogénétique de la truite (« identification et stratégie de conservation des populations autochtones », collaboration avec Universités de Berne, de Padoue et INRA Jouy).
Le partenariat scientifique est également structuré par des recherches transversales mettant en œuvre une approche globale des causes et des impacts de la pollution en milieu rural et de ces impacts (programme INRA-CEMAGREF « AQUAE » animé par Thonon et intégrant en particulier des collègues appartenant aux 3 stations du département HYFS et au labo INRA-ENV)

Le partenariat en matière de recherche et recherche-développement est organisé autour de 3 GIS : GIS "Alpes du Nord" (structure qui regroupe INRA-CEMAGREF et Chambres d'Agriculture alpines pour des recherches finalisées sur des thèmes concernant les relations agriculture, développement et environnement), le GIS « plans d’eau » (qui associe des équipes INRA, CSP, CEMAGREF, autour de 4 volets : réseau, échantillonnage, indicateurs et gestion) et le GIS « cyanobactéries » (22 équipes de recherche appartenant à 15 instituts différents, CNRS, AFSSA, IP, Cemagref, ENS, Universités..).

L’ensemble des recherches du CARRTEL est entrepris en étroite collaboration avec des partenaires socio-économiques :