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L' Observatoire "Lacs péri-alpins"  a pour objectif de  fournir des données scientifiques de qualité pour  comprendre et in fine modéliser  l'évolution de l'état et  des fonctionnements écologiques de systèmes lacustres soumis simultanément et sur des pas de temps décennaux à un changement des pressions d'anthropisation locales et au changement climatique en cours. Les trois plus grands lacs naturels français péri-alpins sont au centre de ce projet : le Léman, le lac du Bourget et le lac d'Annecy. Deux axes de recherche sont d'ores et déjà fixés :

• le premier concerne les suivis limnologiques sur les changements d'états du système lacustre
• le second est basé sur des recherches en écologie fonctionnelle et promouvoit les flux de matière et les processus écologiques

Un troisième axe permet la création de "projets associés". C'est dans celui-ci que se classeront tous les thèmes de recherche connexes fédérés par l'observatoire.

•  Les objets observés: le  Léman, le lac d'Annecy, le lac du Bourget

Les 3 lacs profonds des Alpes du Nord constituent les principaux objets observés par l’Observatoire proposé. Ils fournissent des contextes exemplaires, caractérisés à la fois par un retour plus ou moins rapide et complet à l’état oligotrophe, résultant de progrès dans la gestion environnementale du phosphore et par l’intensification des perturbations directes et indirectes liées à l’anthropisation des milieux (typiquement l’urbanisation du bassin versant et le réchauffement climatique). Ils offrent néanmoins des situations trophiques actuelles contrastées, ce qui rend possible une analyse comparée des trajectoires.