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Le SILA est créé le 15 juillet 1957 dans l'objectif premier de sauver le lac d'Annecy de la pollution en collectant l'ensemble des eaux usées et en les conduisant à l'aval du lac pour y être traitées. La première station de traitement des eaux usées est ouverte en 1964 à Cran-Gevrier. En 1966, dans la continuité de sa mission d'assainissement des eaux usées, le SILA, en collaboration avec l'INRA, met en place un suivi scientifique annuel des eaux du lac visant à détecter tout signe d'évolution pouvant laisser suspecter une dégradation du lac. En 1997, la première station d'épuration est remplacée par Siloé, une usine de dépollution avec des capacités supérieures, toujours à Cran-Gevrier. En 2002 est inaugurée l'usine de valorisation énergétique Sinergie. Aujourd'hui, les principales missions du SILA sont le traitement des ordures ménagères et des déchets assimilables, la collecte et le traitement des eaux usées et l'aménagement et la protection du lac d'Annecy.

Le CISALB a été créé en février 1972 par les deux agglomérations de Chambéry et d'Aix-Les-Bains. Suite au constat qu'il fait de l'eutrophisation du lac, le CISALB est à l'origine de la création de la galerie de rejet des eaux épurées au Rhône en 1980. En 2004, le CISALB élabore un projet de réhabilitation paysagère de l'ancienne décharge de Viviers-Du-Lac qui a débuté en septembre 2007. En 1998, le CISALB élabore et met en oeuvre le contrat "Bassin Versant du lac du Bourget" qui débute en 2003. Il repose sur une série d'actions basées autour des thèmes de la dépollution de l'eau, de la restauration des milieux aquatiques, de la gestion des crues, de l'action pédagogique et du suivi environnemental. Ce contrat dont le budget total est de 100 millions d'euros doit prendre fin en 2009.

La CIPEL est une Commission franco-suisse réunissant des élus, des hauts fonctionnaires et des scientifiques des deux pays créée le 16 novembre 1962. Elle est chargée de surveiller l'évolution de la qualité des eaux du Léman, du Rhône et de leurs affluents. Ses principales missions sont l'organisation de recherche sur la nature, l'importance et l'origine des pollutions, les recommandations aux gouvernements contractants les mesures à prendre pour remédier à la pollution actuelle et prévenir toute pollution future, la préparation d'une réglementation internationale concernant la salubrité des eaux du Léman et l'examination de toute autre question concernant la pollution des eaux. La CIPEL a aussi élaboré et mis en place le plan d'action 2001-2010 dont les principaux objectifs sont la garantie de l'utilisation de l'eau du lac comme eau de boisson après un traitement simple, l'assurance de la prédominance des poissons nobles parmi les poissons du lac et des rivières afin de retrouver un peuplement piscicole proche de l'état naturel et l'assurance d'une pratique des loisirs aquatiques dans de bonnes conditions notamment avec une excellente qualité microbiologiques des eaux.