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 (i) L'analyse de la structure des communautés : diversité taxonomique et moléculaire, identification de groupes fonctionnels;

(ii) L'analyse de processus fonctionnels : interactions biotiques, importance relative des facteurs de régulations, flux et transferts trophiques.

Les questions abordées concernent plus particulièrement l’étude :

• de la diversité des communautés microbiennes planctoniques par des méthodes d’empreinte moléculaire, de séquençage, de marquage spécifique en FISH ;
• de la détermination du rôle fonctionnel de groupes spécifiques parmi les procaryotes et les eucaryotes unicellulaires ;
• des interactions biotiques s’établissant entre les communautés planctoniques: prédation, parasitisme virale et eucaryote ;
• de l’influence du carbone terrestre sur les réseaux trophiques lacustres ;
• des facteurs de régulation de la dynamique, la structure, la diversité et l'activité des organismes planctoniques : effets régulateurs descendants (prédation, parasitisme), ascendants (disponibilité des ressources nutritives), et globaux liés aux changements climatiques.

   

Limnologie, Ecologie microbienne, Ecologie virale, Traçage trophique, Paléo-ecologie, Influence du changement climatique.

Il peut s’agir (i) d’études de processus se déroulant à l’échelle de quelques heures à jours (lyse virale dans les terminaisons de ‘blooms’ phytoplanctoniques et/ou bactériens) ; (ii) d’études portant sur la dynamique saisonnière des communautés planctoniques ; (iii) d’observations à grande échelle de temps, par des approches relevant de la paléo écologie, permettant de s’intéresser à l’importance relative de facteurs tels que la prédation piscicole,  l’eutrophisation du système, les changements climatiques.